Bernal es una de las dos Delegaciones con las que cuenta el Municipio, en ella se encuentra, como símbolo primario, la Peña de Bernal, el tercer monolito más grande del Mundo, después del Peñón de Gibraltar en la boca del Mar Mediterráneo, y del Pan de Azúcar en Río de Jaineiro, Brasil.
Los orígenes de la Peña se remontan hasta los 65 u 80 millones de años en el periodo jurásico. Estudios muestran que la peña anteriormente fue un volcán que hizo erupción y solidificó su masa al contacto con la superficie, formando un monolito que luego ha ido transformándose por la acción de la lluvia y del viento.
Los vestigios de culturas prehispánicas encontrados en las faldas de la Peña de Bernal, nos indican que el monolito era considerado un importante centro ceremonial para las poblaciones indígenas. Hoy día la Peña conserva su esencia religiosa y propiedades energéticas, por lo que miles de turistas visitan la roca y el pueblo, por ejemplo, en el Festival del Equinoccio de Primavera.
Un paraje natural de singular belleza milenaria y un proceso cultural derivado del mestizaje de indios otomíes-chichimecas y españoles durante los siglos del virreintato mexicano se unieron para dar identidad a una localidad que, el 6 de julio del 2006 fue nombrada Pueblo Mágico, como reconocimiento a su valor histórico, cultural y natural. Bernal, acogedor rincón de la República Mexicana, fue incluido dentro de las 30 primeras ciudades seleccionadas para participar de los beneficios del Programa Federal de Pueblos Mágicos, cuyo propósito es la conservación, mejoramiento y desarrollo turísitico sustentable de estas localidades.
EL 12 de julio de 2007 el Gobierno Estatal declaró Área Natural Protegia las 280 hectáreas donde se ubica la Peña de Bernal, enclavada en la comunidad del Municipio de Ezequiel Montes. Este mismo año la Secretaría de Turísimo entregó alas autoridades municipales y al Pueblo Mágico de Bernal la presea en la que se le reconoce como Maravilla Natural de México. La Secretaría de Desarrollo Sustentable, en colaboración con Gobierno Municipal, realizó las gestiones necesarias para conservar esta zona como un espacio para la educación ambiental, recreación y turismo ecológico, que ayuda a mantener la calidad de vida de las actuales y futuras generaciones, asegurando la preservación y cuidado de la región.
En 2007, debido a su importancia excpecional y cultural fue presentado ante el Comité de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO), el expediente técnico "Peña de Bernal, lugares de memoria y tradiciones vivas de los Pueblos Otomí-Chichimecas de Tolimán en el semidesierto queretano, con el fin de ser considerado Patrimonio de la Humanidad. En septiembre de 2009, México quedó inscrito en la Lista Representativa del Patrimonio Cultural de la Humanidad con la declaratoria llevada a cabo en Abu Dabi.
Rincones de Bernal y la Peña han sido escenarios de diversas películas de la época del cine nacional y contemporáneo, tales como la Cucharacha en 1958; Adiós Nicanor, El Soldado Desconocido, El Peñón de las Ánimas y Fuerzas vivas en 1937; el Gallo de Oro en 1965; Las Siete Cucas, Huevos Rancheros, entre otras. También se han filmado telenovelas como la Dueña, El niño que vino del mar, Muchacha italiana viene a casarse, así como diversos videoclips y comerciales diversos. Investigaciones del INAH permiten suponer la influencia de una cultura del preclásico mesoamericano, muy similar a los huastecos del Golfo de México. Los estudios para este periodo de la historia se realizan en la base de la Peña en 2001. En los trabajos de rescate y reconocimiento arquelógico se perfila la importancia de los restos hallados en la localidad y los valora como parte destacada del patrimonio cultural de la región. Estas investigaciones fueron una respuesta a la necesidad de salvaguardad la aqueología; experiencia que permitió conciliar los intereses de desarrollo social, derivado de la instalación de infraestrucutra de servicios y el legado prehispánico.
Desde épicas muy tempranas Bernal y Ezequiel Montes compartieron elementos culturales con otras áreas del Bajío guanajuatense, la Sierra Gorda queretana y el Valle del Mezquital en Hidalgo.
Bernal era considerado como frontera novohispana durante el siglo XVII y hasta el siglo XVIII, ya que las faldas de la Peña eran habitadas por los Pambes y Jonaces, tribus chichimecas seminómadas, cuya subsistencia se basaba principalmente en la recolección de productos silvestres.
En 1644, el Capitán Alonso de Tovar y Guzmán, fundador de la Villa de Cadereyta, recibió órdenes por parte del Virrey de la Nueva España, el Marqués de Villena Duque de Escalona, para hacer la repartición de tierras de pastos y labranzas, por lo que hizo merced de un sitio y tres caballerías de tierra a los vecinos de Bernal. Siendo despojados los chichimecas de sus tierras, algunos se congregaron en pequeños grupos que fueron evangelizados al cristianismo. Los fundadores de Bernal fueron llamados para defender las tierras de los constantes ataques de los chichimecas, Fue así como el teniente Alonso Cabrera, acompañado de tres de sus mayores hijos y siete soldados, se aposentaron en un que les permitiera observar los movimientos de los chichimecas que asolaban el lugar y que bajaban del cerro del Zamorano y del cerro de San Martín.
El vocablo "bernal" es de origen vasco y significa peña o peñaso, se comenta que al aproximarse los militares españoles a la región y ver el monolito, exclamaron que era un Bernal como los que hay en el mar o en algún valle.
Los fundadores construyeron El Cuartel para alojar a los soldados que se encargarían de custodiar la región. Posteriormente se asentaron nuevas familias y se edificaron diversas construcciones, formándose un hermoso pueblo. La segunda construcción fue en un lugar ahora conocido como Barrio el Puerto. La tercera fue el presidio, uno de los cuyos terrones fue terminado a principios del presente siglo, en tanto que el segundo nunca se hizo, como tampoco el segundo nivel de arcos que en planta baja son conocidos como las Casas Reales. Ésta singular edificación que asemeja un castillo dan señorío y respeto a Bernal.
También existen antiguas casonas donde, en algunos casos, se aprecia una arquitectura característica con portales y arquerías en sus interiores, lo cual refleja el desarrollo cultural de sus habitantes.
Para el año 1725 se declaró Congregación de San Sebastián Bernal, fecha en la que inició la construcción de su templo de tres naves. La primer misa se ofreció en 1733 por el RP Fray José de Luca, y no fue hasta 1835 que se erigió en Vicaría. El santo patrono San Sebastián, nació en Narbona, Francia y fue asetteado en Roma en el año 188; la población lo festeja cada 20 de enero. La devoción a San Sebastián Mártir surgió desde la fundación del pueblo, ya que los militares asentados traían consigo su imagen, lo que evidenciaba su devoción a este Santo.
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